15 juil. 2018

Activité dans mon labo

Après un hiver où j'ai eu du mal à aller dans mon labo (j'ai quand même des scrupules à faire tourner le radiateur électrique), je commence à profiter des installations.
J'ai nettoyé mon vieux Canon EOS 550D (capteur APSc - un rapport de 4x donne donc une largeur de champ aux environs de 6 mm) et j'ai fait tourner Helicon Focus sur mon Mac... parfois pour rien pour cause de piles foireuses.

Je vous propose donc un petit résumé en images, quelques clichés réalisés ces dernières semaines.

Une petite coquille extraite d'un sable prélevé en bord de Méditerranée. mini-coquille-small.jpg

Un extrait de mosaïque byzantine (peau d'oignon en LPA + lame quart d'onde) golden-chest-bis-small.jpg

Deux insectes pris dans un morceau d'ambre de la Baltique (ramené par Odile lors d'un voyage en Lituanie)... pas facile... rapport 4x ambre4x-ret-small.jpg

Une megapile robotisée sur de l'épiderme d'oignon - travail pour la main à la pâte.
extrait01-small.jpg

En video, ça donne (comme quoi, il y a toujours un noyau, mais parfois, il est très loin du focus et donc on peut ne pas le voir)


Une étamine de Geranium robertianum (Herbe à Robet - rapport 10x).
etamine-robert-01-10x-small.jpg

Un coeur de Geranium dissectum (rapport 10x)
geranium-dissectum-10x-attempt02-small.jpg

Exploration autour de la menthe.
Un dessous de feuille (rapport de 10x).

feuille_menthe_face_inf10x-small.jpg

Des boutons floraux (rapport de 4x)
bouton-floral-menthex4-small-small.jpg

Et enfin, un sacrifice... un con de taon qui était en train de mourir au pied d'une fenêtre (rapport 4x).
taon-4x-small.jpg

En marge de ces travaux photographiques, j'ai aussi retapé des microscopes récupérés dans mon labo... de vieux engins qui pourraient peut-être servir dans des bahuts moins bien dotés.
(à bon lecteur...)

14 mai 2018

Ramène ta fraise

Depuis quelques années, j'ai une photo réalisée en zédification (focus-stacking) qui fonctionne bien lors d'expos ou conférences... C'est une fraise en macro - un faux fruit (pour les biologistes, le vrai fruit correspond aux petits grains qui sont des akènes, évolution du pistil, contenant une graine).

5592987227_c99fbe4dca_b.jpg

Une discussion sur FB, m'a remis sur les rails et j'ai donc sacrifié quelques futures fraises de mon jardin.
(enfin, à l'occasion de cours sur la vie fixée en Terminale S, on parle de ce genre de choses et j'avais déjà ce genre de projet en tête)

Un premier essai au 4x a donné des résultats encourageants.

coeur-fragola-4x-ret-small.jpg

Nous avons une variété de fraisier avec des fleurs roses et leur coeur est un peu plus pigmenté que celui des fleurs blanches (plus classiques)
Un premier panorama (6 piles de 250 images) au Mitu 2x (pas trop serré, j'aurais pu faire quatre fois moins de clichés) a été réalisé.

pano-fraise-6piles-250img-small.jpg

J'ai repris mes études avec une fleur plus classique, moins avancée.
Panorama au Mitu 2x -> 9 tesselles impossibles à assembler car le temps de tout prendre en photo, la fleur a changé de géométrie (rabattement des pétales, des étamines).
Mais bon, le coeur était pas mal.

2x-coeur-small.jpg

Nouveau souci : les taches marronnasses, floues, oblongues, que l'on voit sur les pétales, sont liées au déplacement aléatoire d'un petit insecte lors de la zédification.
En assemblant les images en une vidéo.


C'est un problème récurrent quand on choisi des sujets encore bien vivants... même quand c'est du végétal.
Voir ces deux vidéos dans ma chaine Youtube : https://youtu.be/3Il6E2vkTnA, https://youtu.be/08c9fM4XP0I

Une vue en coupe montre un peu mieux l'organisation des pièces florales.
La fleur est dite "dialycarpellée" - il y a plusieurs pistils avec autant de stigmates et d'ovaire (un ovule par ovaire - une graine par fruit)

Pour voir un carpelle, il faut passer au 10x

carpelle-fraise-10x-small.jpg

Pour finir, c'est le réceptacle qui devient charnu, se colore, se gave de sucre.
Sur l'image qui suit, on voit le vrai fruit (un akène) qui a gardé un contact avec le pédoncule avec un tissu un peu différent.

coupe-fraise.jpg

Si cet été j'ai le temps, je ferais peut-être des coupes compatibles microscope, histoire d'en faire une monographie à la façon de la Grassette, dans ce billet.

20 avr. 2018

Les Hauts de France (1)

Alors que j'étais encore étudiant, il y a fort longtemps, et intéressé par les oiseaux (limite cocheur...), j'ai entendu parler du Marquenterre, en Baie de Somme, comme un paradis pour les volatiles de toute sorte.
Enfin, au cours de ces dernières vacances, j'ai pu aller vérifier sur place...

... et bien j'ai plutôt été déçu... peut-être que je perds la main (l'oeil), que je n'y étais pas à la bonne saison, que je n'ai pas assez sorti la longue-vue (je voulais faire des photos)... ou alors, effectivement, les populations de certaines espèces se sont effondrées (lien).
Je suis parti de Paris (concert de Dominique A à la Philarmonie de Paris - mazette).
Première halte, en route, à la Réserve ornitho de Grand Laviers. D"anciens bassins de rétention d'une sucrerie ont été aménagés pour observer les oiseaux qui veulent bien s'y arrêter. A l'accueil, on me donne gentiment l'emplacement de Gorgebleues, de grèbes à cou noir, d'avocettes... mais pour la première espèce, je n'en verrai pas la queue d'un et pour les deux autres, ça n'a pas trop été la fête.
D'une manière plus générale, si ce genre de site est fait pour préserver la tranquillité des oiseaux, on ne peut pas dire qu'ils soient bons pour la photo. Les observatoires sont trop hauts et les ouvertures sont trop petites (bon, c'est fait exprès... sortir un gros tromblon, ça fout les foies).
Pour le Grand Laviers, c'est aussi géré par une association de chasseurs... question dérangement, euh...

La chasse... omniprésente en Baie de Somme.

grebe-cou-noir01-small.jpg
(Grèbe à cou noir... on ferait mieux au port du canal)

castagneux-small.jpg
(Grèbe castagneux... plus difficile à saisir tout de même)

Je prends mes quartiers dans un hôtel à Fort Mahon Plage.

fort-mahon01-small.jpg

Pour le reste de la journée (avec boite de raviolis réchauffée sur un parking - un genre de madeleine de Proust), j'irai au Sud de la baie de l'Authie, en espérant voir quelques échassiers, quelques canards, quelques limicoles.
Mouais... une vue satellite de l'endroit explique certaines choses.

carto02-huttes.png

Voilà, les trous d'eau sont "privés" et à chaque trou, il y a une "hutte" et souvent des canards en plastique (les canards d'appel ne sont pas de sortie...)
Pour moi, c'est mort.
Sur le parking, mon voisin (qui s'apprête à partir) m'interpelle. Vous venez de Côte d'Or ? ça a l'air d'être une constante dans cette région, les gens que vous ne connaissez pas vous causent - ça fout les foies.
Au cours de la conversation, je comprends que j'ai un chasseur en face de moi. Il est très gentil mais j'apprends qu'à cause de 500 phoques, il n'y a plus de poisson dans la Baie de Somme et à cause des cigognes qui commencent à se sédentariser (une poignée), il n'y a plus une grenouille dans les marais. Trop fortes ces bestioles... on a bien raison de les massacrer.
Une vision utilitaire de la nature, je n'ai pas trop l'habitude de discuter de ça.

Le lendemain, je vais visiter le Parc du Marquenterre... un genre de zoo en fait.
Le nombre d'espèces visibles (sauvages tout de même) est assez limité et par espèce, à part les "mouettes", il n'y a pas non plus foule.
Là encore, pour les photos, c'est pas top.


(quelques couples nichent au Marquenterre)

spatule-tri-small.jpg
(idem... là, c'est un montage issu d'une "rafale")

spatule00-small.jpg
spatule01-small.jpg
(mon 500 f/4 ne fait pas de jolis bokehs - zut)

avocette01-nb-small.jpg
(lumière de m... traitement en N&B pour tenter de sauver les meubles)

Pour le reste de la journée, je monte à Berck dans l'espoir de voir quelques limicoles et éventuellement des phoques.
Pas de bol, c'est la fête aux cerfs volants (lien) donc pour le calme (et pour se garer), c'est la galère.
Pas de petits échassiers... des mouettes et des goélands et heureusement, les phoques sont là. Marée basse en fin de journée, lumière sympa.

phoque04-small.jpg

phoques01-small.jpg

Pour vous faire une idée des endroits visités au cours de ces trois jours, voici une carte
carto01-small.png
que vous pouvez agrandir en cliquant sur ce lien.

Les Hauts de France (2)

Encore un ou deux phoques...

phoques02-small.jpg

phoque01-nb-small.jpg

... et j'ai fini par prendre le coucher de Soleil, sur un estran sableux... après un passage à la friterie...

berck02-small.jpg

Le lendemain, j'ai fait pas mal de route.
Le matin, en montant vers le Nord - objectif Cap Blanc Nez - je cherche quelques chemins entre des étangs... ça ne passe pas, c'est réservé aux 4x4 qui permettent d'accéder aux huttes...
et puis tous ces canards en plastique, ça me mine le moral.

Au Cap Blanc Nez, grande falaise de craie, la marée finit de monter (vers midi) et je vais donc longer la zone en observant la petite colonie de Mouettes tridactyles - assez jolies, ma foi.

tridactyle01-small.jpg

Il y avait aussi deux ou trois couples de Choucas des tours.

choucas01-nb-small.jpg

J'ai assisté à une scène dont je ne sais quoi penser. J'aime beaucoup les Choucas... ce sont des corvidés qui causent et ils sont assez élégants, mais là, j'ai vu un couple harceler une brave mouette. Visiblement, ils convoitaient quelque chose... l'emplacement ? les oeufs ? en tout cas la mouette avait fort à faire pour rester en place.

choucas-mouette01-small.jpg

Je poursuis mon tour en passant par le Cap Gris Nez. Comme la marée est haute, il va falloir patienter pour espérer faire quelques images sympathiques.
En tout cas, point de zozio à observer et je vais passer le temps en consultant mon smartphone... je trouve sur "ornithomedia.com" des endroits où on doit voir plein d'oiseaux, a priori.

Un ou deux paysages avant de partir pour Ault (au Sud de la Baie de Somme)

cap-blanc-nez01-small.jpg
(Cap Blanc Nez au fond à gauche)

cap-gris-nez-02-small.jpg
(boules de grès... une géologie intéressante, à creuser)

A Ault, on retrouve les falaises crayeuses avec plages de galets qui s'étendront vers la Normandie à l'Ouest.
Le site est très beau... à voir.

ault02-small.jpg

ault04-small.jpg

Au niveau aviaire, pas grand chose et comme j'ai eu la flemme de trimballer le 500 mm, il a fallu que je shoote un Petrel au nid (une tache blanche) et un Faucon pélerin (encore heureux que je reconnais son cri) au 120/300

falco-small.jpg
(on voit bien les lits de silex... on voit bien aussi l'effet heure d'or sur la craie) falco-crop.jpg
(crop à 100% sur Falco)

La journée se termine. Vous prendrez bien encore un coucher de soleil ?

ault03-small.jpg

Dernier jour, avant de rentrer, je décide d'aller voir du côté du Banc de l'Illette (entrée Nord de la Baie de Somme)
Je me lève assez tôt, mais je ne me presse pas car le matin, c'est marée basse et s'il y a des trucs à voir, ils seront loin, trop loin.
Longue rando avec trois tonnes de matériel sur le dos et le gros tromblon monté sur tête pendulaire qui me scie les épaules.

illette.png
(plus de 12 km au total)

et tout ça pour... rien... enfin, j'ai vu un ou deux piafs en passant, des Courlis, des machins qui chantent dans les roseaux, quelques cormorans en vol, une ou deux aigrettes.

zozio01-small.jpg (Linotte)

Il est temps de rentrer... 5h de route.
Ca n'est pas si loin, mais de là à y revenir, devoir causer à des inconnus, des chasseurs.
Peut-être un jour, si mes velleités d'ornithologue refont surface, j'irais avec la longue-vue observer le passage des migrateurs, à une autre période de l'année.
En tout cas, j'ai fait mon deuil des Gorgebleues et autres Panures à moustaches.

13 avr. 2018

Focus Bracketing et lentille de tube (macro au-delà du rapport 1)

Ce billet fait suite aux découvertes/indications/explication de Jean-Marc Johannet, un super microminéralogiste, données sur le forum du Naturaliste (lien... de 2015, mais je ne peux pas m'équiper en permanence pour être à jour et faire des essais, surtout que j'ai déjà des systèmes fonctionnels).

Le focus-bracketing est une fonction qui commence à s'implanter dans quelques boîtiers numériques.
Je pense qu'on peut-dire que les hackers du firmware Canon, en développant "Magic Lantern" furent des précurseurs. Effectivement, dans les nombreuses fonctions rajoutées par cette surcouche logicielle (ça fait peur tellement il y a des choses rajoutées), il y a la capacité de faire des piles d'images en décalant la mise au point... à condition bien sûr d'avoir un objectif autofocus.
- je reviendrais à l'occasion sur cette fonction de Magic Lantern.
Par la suite, Olympus a implanté le "focus-bracketing" dans ses boîtiers OM-D, version "Mark II".
Nikon avec son monstre D850 propose aussi cette option.
- pour le moment, je n'ai pas encore vu la possibilité de programmer une étendue de profondeur de champ -> en tournant la bague de mise au point, on décide du début de la pile, de la fin de la pile et en fonction du rapport d'agrandissement, du diaphragme (deux paramètres qui jouent sur la profondeur de champ), le boîtier calcule le nombre d'images dans la pile et le pas entre chaque cliché.

Le sujet du billet est un usage détourné du focus-bracketing selon Olympus car à la place d'une proxi/macro avec un objectif "normal", on va prendre une longue focale (autour de 200 mm) qui fera office de lentille de tube pour des montages avec des objectifs de microscope à l'infini (pages 130-132 de "la macro au-delà du rapport 1".
Les canons d'usage disent qu'il faut mettre la lentille de tube à l'infini, mais il semblent que l'on puisse modifier un peu cette mise au point et cette modification va décaler le focus sur le sujet (il suffira de régler le pas pour éviter le "banding" (p. 175)). Le changement de taille, conséquent, du sujet entre le début et la fin de la pile, limite la course de la mise au point (on ne peut pas partir de l'infini et finir avec la map mini de l'objectif), mais on peut parfois envisager de couvrir le "z" d'un sujet en une pile.

Trêve de blabla, voilà le montage utilisé.

montage-oly01-texte.jpg

Dans cette configuration, voici le champ couvert

champ-nikon4x_et_bague-small.jpg
("niveaux auto" -> beaucoup de vignettage - à mon avis, je dois revoir le montage, supprimer le tube d'adaptation (j'ai une bague M25->M42) et revoir si le zoom était bien à l'infini... en tout cas, ça ne se voit pas trop sur les piles réalisées par la suite)

Si nous faisons les calculs qui vont bien, on trouve 5,8 mm ce qui donne un rapport de 3,1x... c'est peut-être à cause de la focale de lentille de tube (175 mm au lieu de 200 norme pour les Nikon CFI - et pourtant, on dit que sur les MFT, le crop du capteur multiplie la focale par deux).

Pour les réglages de l'appareil.
J'ai trouvé plus pratique de mettre la mise au point en mode "MF" (manual focus)

menubk02.jpg

Pour accéder au "focus bracketing", il faut dérouler le "menuphoto2".

menubk03.jpg
menubk04.jpg
menubk05.jpg

Avec le dernier tableau, vous pourrez choisir le nombre de vues à mettre dans la pile (jusqu'à 999) et le "pas" (différentiel de mise au point) entre chaque cliché.
Je n'ai pas encore assez de pratique pour vous communiquer les valeurs à choisir pour telle ou telle situation, mais dans le cadre d'une utilisation de lentille de tube, je ne pense pas que l'on puisse dépasser plusieurs dizaines de clichés. De même, je suppose que plus le rapport est élevé, plus le pas doit être faible.
Pensez à valider (OK) plusieurs fois pour revenir à l'écran initial et activer le bracketing. (mon problème est de penser à le désactiver quand c'est fini...)

Pour le sujet en question, un microminéral de quartz (pas si petit, il y a bien pire), un premier essai d'une pile de 50 images, avec un pas de 2 n'a rien donné de probant, le décalage de mise au point étant négligeable au final.
J'ai agrandi le pas -> 5. Voilà ce que ça donne d'un point à un autre d'une première pile de 50 images.

debut-premiere-pile4x.jpg
fin-premier-pile4x.jpg

Je n'ai pas essayé une pile avec plus de clichés... en fait, il ne faut pas trop s'approcher de la mise au point mini de l'objectif.
A l'occasion, je pousserai le système dans ses derniers retranchements.
Bref, j'ai fait trois piles. Entre chaque pile, j'ai remis l'objectif à l'infini (tourner la bague vers la droite... pas de butée, dommage...), décalé la mise au point avec la platine micrométrique installée sur le trépied pour retrouver à peu près le focus de la fin de pile précédente.

Au final, on obtient une image, à partir d'une centaine de clichés compilés - si on met les 150 images avec des focus qui se recoupent mais des tailles changeantes de sujets, ça coince, il y a des chevauchements - qui me semble très correcte. La balance de blanc est particulière, mais je voulais utiliser la lumière du jour (disons que ça pourrait se faire sur le terrain) et je n'ai pas fait attention à ça.
De même, c'est du jpeg direct... pas de possibilité de revenir sur la bdb et les contrastes sont un peu forts.

quartz-4x.jpg

J'ai aussi fait une pile de 60 photos, avec un pas de 8 pour couvrir un champ de 10 mm (recropé à 8 mm) en utilisant un Mitutoyo 2x (rapport macro de 1,8x)
Là encore la bdb est un peu bizarre.

quartz-2x.jpg

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