4 nov. 2017

Retouches de Diatomées

Depuis le 1er octobre 2017, toute retouche d'image doit être notifiée. Je vais avouer que toutes mes photos sont retouchées... je dirais "développées", mais il faut aussi reconnaitre que pour certaines, le relooking est plus extrême.
Dans ce billet, je vais donner les étapes d'une retouche de photos de diatomées prises au microscope (sans asséner une vérité - l'image finale me plait, mais sans doute pas à tous, qui feraient autrement).
Ainsi, ce tuto vous montrera aussi le fonctionnement de quelques outils de Photoshop.

Pour commencer, voici les deux images brutes (que vous pouvez charger en version originale : 1 - 2)
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Voici l'image finale
diatom-100-pano-nb-small.jpg

Première étape : assembler les deux images.
On ouvre les deux, on sélectionne une des deux (ctrlA), on copie et on colle dans l'autre. L'image collée se place sur un calque au-dessus.
Ensuite, il faut déplacer l'image collée pour la mettre en continuité avec l'autre, il faut donc agrandir la zone de travail.
Menu Image -> Taille de la zone de travail..." rajouter xxxx pixels à gauche (à droite... suivre les flèches)
(pour faciliter le déplacement/ajustement, vous pouvez diminuer l'opacité du calque, ainsi vous voyez aussi apparaître l'image de fond)
pano-etape01-blog.png https://c1.staticflickr.com/5/4484/37985005681_b869138b9c_o.png

Avec quelques coups de gomme, on efface les zones pas trop en raccord.
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(si besoin, on peut déformer les images pour que ça colle encore mieux, mais là, il faudrait voir avec un autre tuto)

Deuxième étape : retouche du fond
Je passe sur l'étape de tamponnage/effacement des cochonneries (taches de capteur, trainées diverses, éléments indésirables... j'aurais pu tout effacer). Je commence toujours par ça avant même de tripoter les curseurs.

Pour lisser le fond, il faut préserver la Diatomée (qui fera l'objet d'un traitement séparé).
Un masque est un bon moyen de séparer fond/sujet.
Voilà une méthode (il y en a d'autres) pour sélectionner le fond (et donc à terme, le masquer/démasquer).
Comme le fond est relativement uniforme j'ai utilisé l'outil de sélection "baguette magique" (touche W - wizard)
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Un clic sur le fond et selon la tolérance, votre zone de pixels sélectionnés sera plus ou moins importante. Pour augmenter cette zone, soit vous augmentez la tolérance (pas conseillé), soit vous additionnez des pixels à la sélection précédente en appuyant sur "shift" (majuscule) avant de refaire un clic avec la baguette magique.

Basculez en mode masque.
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Les pixels sélectionnés avec la baguette magique peuvent être modifiés... ils ne sont pas masqués.
Ceux qui sont sous le rouge sont masqués (dans mes préférences, le masque est rouge - mais en fait, c'est quand on peint avec du noir 100% qu'on obtient ce rouge :lol: - rappel, on est en mode masque, un masque est en niveau de gris -> peindre en blanc revient à démasquer, peindre en gis 50% revient à appliquer un 50% un traitement ultérieur).

Si on jette un oeil à la qualité de la sélection, on voit que ça n'est pas terrible.
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Il faut jouer de la gomme (ou peindre en blanc, en noir... selon...) pour affiner.

Quittez le mode masque.
On revoit le fond qui est sélectionné (les pointillés vont jusqu'au bord de l'image)
Menu Sélection -> Intervertir.
Voilà que maintenant, c'est le sujet qui est sélectionné (je préfère).
Menu Sélection -> Modifier -> Dilater... vue la taille du sujet, sa place dans l'image, mettez environ 5 pixels.
Menu Sélection -> Modifier -> Contours progressif... vous définissez un nombre de pixels pendant lesquels se fera la transition entre "sélectionné à 100%" (où vos bidouille feront effet à 100%) et "pas sélectionné".

En basculant en mode masque, on voit cette transition. pano-etape04-blog.png https://c1.staticflickr.com/5/4489/37275880004_13b4540cac_o.png
(bon, ça n'est pas super visible avec cet exemple où j'ai du prendre moins de 10 pixels pour la transition).

A noter que le menu "Selection" offre d'autres possibilités de jouer avec les sélections... je vous laisse jouer.

La Diatomée est sélectionnée -> intervertir la sélection.
Menu Filtres -> Atténuation -> Flou gaussien...
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A vous de choisir l'intensité du flou, si vous voulez conserver ou pas certains "détails" du fond.
A noter aussi que vous pouvez en profiter pour jouer sur la bdb, la luminosité/contraste... mais si vous y allez à la truelle, ça va jurer avec la Diatomée.

Troisième étape : travail sur la Diatomée.
Inversez la sélection (vous pouvez aussi isoler la diatomée par un copier/coller - elle se retrouve seule sur un calque, en travaillant sur un calque c'est un peu comme la seule Diatomée était sélectionnée, séparée du fond).
J'ai utilisé "Dfine" pour réduire le grain qui était à l'intérieur (pas de capture d'écran de cette étape - on verra plus tard si je fais un tuto sur la Google Nik Collection - des supers plug-in gratuits pour toshop et lightroom). Un autre plug-in comme "Neat Image" fonctionne aussi très bien.

Pour adoucir tout ce bleu (bdb pourrie à la prise de vue, pas arrangé par la LED et le DIC), je passe en N&B avec Sivler Effex (et dans les choix proposés, j'ai pris "beaux arts" - j'aime souvent ce rendu)
pano-etape06-blog.png https://c1.staticflickr.com/5/4492/37954900752_6854c84d8c_o.png

Juste qu'au final, tout ce gris ça ne me plaisait pas alors j'ai joué sur l'opacité du calque N&B généré par Silver Effex.
On retrouve un peu des couleurs du fond.

23 oct. 2017

Une histoire de "mousse"

Où une discussion sur Facebook et l'occasion d'inaugurer mon atelier (billet précédent).

Il y a quelques jours, j'ai enfin franchi le pas... je viens de m'inscrire sur Facebook. J'ai bien conscience d'être très en retard, mais j'étais pris par deux ou trois forums où j'aime bien discuter. De plus, à entendre mes élèves, Facebook, c'est le moyen-âge ou du moins c'est réservé aux vieux... ça tombe bien, je ne suis plus un gamin.
En tout cas, quand je vois la puissance de ce réseau et le gros bordel que ça peut générer, j'avance un peu à reculons.
Dans un groupe de discussion "SVT : partage, conseils, questions" (réservé aux enseignants), un échange a eu lieu sur l'utilisation de "mousses" pour faire observer des chloroplastes à des élèves. Depuis quelques années, j'insiste sur les avantages des "mousses" notamment sur les classiques Elodées : une seule couche de cellules, des cellules bien visibles, bien délimitées par une paroi avec un dessin aisé, un nombre limité de choloroplastes... bon, il n'est pas toujours facile de prélever les feuilles et toutes les mousses ne sont pas recommandées, mais au moins, il y en a partout et depuis quelques temps, la vente de l'Elodée est désormais interdite (exotique invasive).
Une des plus sympas est "Bryum capillare" (je ne suis pas un spécialiste, je me repose sur ce superbe guide : Mousses et hépatiques de France).

Voici quelques mousses prélevées autour de ma maison (et on trouve les mêmes au bahut).
collection-mousses-small.jpg
(les autres sont moins intéressantes pour des manipulations avec des élèves et je n'ai pas cherché à les identifier)

Une macro classique.
bryum-macro-small.jpg

Si on se rapproche de Bryum, on passe à la zédification au banc macro et avec un Rodagon 90 mm, ça donne.
bryum-macro90apo-small.jpg
(je ne maitrise pas encore très bien l'Olympus OM-D 10 II qui devrait me servir de mule pour les mois à venir)

En passant au potentiel gamétophore (espèce acrocarpe), ça va se corser. Un premier passage au Mitu 2x



Bon, il a fallu que je recommence (et même là, un petit coup de sec et les déformations des feuilles font que la zétagraphie n'est pas tout à fait nette)
stack-bryum-mitu2x-small.jpg

Et maintenant, passons au microscope.
Au 10x (projectif 5x, boîtier micro 4/3... pas encore optimisé), contraste interférentiel, zédification
bryum-capillare-10x.jpg

Et au 60x, zédification.
bryum-capillare-01-60x.jpg

Il y aura peut-être des suites.

23 août 2017

Un été 2017

Quelques nouvelles...

... depuis le temps.
Cette année, je n'étais pas de bac, Odile est allée en Angleterre (stage de langue) durant la deuxième quinzaine de juillet et la première quinzaine d'aout, nous sommes allés à Perpignan puis vers Albi puis dans le Pays Basque.
J'avais donc du temps pour passer à une suite de travaux réalisés l'année dernière : une dépendance à la maison, soit un abri pour deux voitures et un garage fermé pour y mettre du matériel (jardin, produits divers).
La suite, secrètement était de m'aménager un "laboratoire" pour mes manips en macroscopie et pour avoir de quoi faire des préparations pour microscope (ce qui peut faire appel à des produits un peu louches).

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Deux mois plus tard, après pas mal de suées (je débute en gros travaux dans une maison), j'ai enfin quasiment terminé ma garçonnière.

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Entre temps, j'ai passé trois jours chez mon pote Nico... la météo n'était pas super clémente (le programme "astro" a été remis à plus tard).
Enfin, j'ai quand même sorti un de mes objectifs vintage pour un joli bokeh.

campanule-bokeh01-small.jpg

Ensuite, avec Odile, nous avons passé un peu de temps dans le Sud (Perpignan, Albi, pays basque).
Une circumpolaire un peu ratée au moment des Perséides, pour cause de pleine lune et aussi parce que le D7100 n'arrive pas à gérer un grand nombre d'images en "rafale".

circum-total-small.jpg

A voir absolument, la cathédrale Sainte Cécile d'Albi avec une énigme quand à la balance de blanc. Certes, il y a du bleu (les pastels de Toulouse ?) mais quand on est dedans, c'est bien plus chaud que sur la photo. Impossible en post-prod de retrouver les bonnes teintes et ça semble assez constant si on jette un oeil à d'autres imags trouvées sur le web. (n'oubliez pas le musée Toulouse Lautrec qui est à côté, dans un superbe palais)

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L'église de Rabastens (HDR).

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La semaine au pays basque a été assez rafraichissante pour cause de météo parfois pluvieuse.

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Du coup, nous sommes allés aux "Bardenas Reales" de l'autre côté des Pyrenées (Navarre), et on n'a même pas eu trop chaud.

bardenas10-small.jpg

Et puis, nous nous sommes souvent arrêtés à la chocolaterie Laia à Saint Etienne de Baïgorry. Les tablettes ne sont pas données, mais elles ont vraiment du caractère, un goût peu commun.

En début de vacances, je suis allé en région toulousaine (belle ville et intéressante cité de l'espace). En fin de vacances, nous étions en week-end "copains de l'ENS" en région bordelaise.
Au retour, nous avons pu visiter la grotte de Font de Gaume (les Eyzies... les vraies peintures, réservées à un public de lève-tôt), la grotte des Combarelles et l'abri du Cap Blanc.
Quand la préhistoire vous offre des souvenirs encore plus forts qu'une visite d'église ou de cathédrale.

Les cours ont repris, je vais finir d'aménager mon labo/atelier macro/micro et enfin, je pourrais reprendre l'essence de ce blog... des tests, des images, de la technique.
Tranquillement, hein...

13 mai 2017

Nicéphore Niepce (le musée)

Petit compte-rendu d'une conférence.

Madame Cosima Lucotte est une artiste photographe accomplie. Ses derniers travaux sur la transparence (des choses de la nature vues aux rayons X) ont été exposés en différents lieux.
Par exemple aux jardins botaniques de Lausanne - lien.
Cette charmante dame fait partie de l'association des amis du Musée Nicéphore Niépce situé à Chalon-Sur-Saone et lors d'une conférence menée par Jacques Revon, elle a vu quelques-unes de mes images.
Quelques semaines plus tard, elle me téléphonait pour me signaler qu'une exposition parlant de biomimétisme se montait au Museum de Dijon et qu'il y aurait sans doute moyen que j'y place des photos... et qu'elle avait fait le nécessaire pour qu'ils me contactent.
De fait, j'ai eu quelques clichés qui leur ont plus et j'ai donc eu droit à une invitation pour le vernissage et je n'ai jamais pris le temps d'en parler... maintenant que l'expo est finie...

Cosima a par la suite proposé à l'association de me faire venir pour que je présente mon travail.
La conférence s'est déroulée mercredi dernier et j'ai passé un super moment.
Odile et ma maman avait aussi été invitées et nous avons eu droit à une visite quasi privée du musée (merci Monsieur Laurent Vallon - que de compétences).
C'est vraiment un endroit très intéressant, qui vaut le détour (et ça ne demande pas un gros effort depuis l'A6).

Le mardi, j'ai eu droit à une interview par mail pour "info-chalon.com"
Le jeudi, dans un autre site, vivre-a-chalon.com, un compte-rendu dithyrambique, joliment troussé par Pascale et Patrice Josserand... je ne mérite pas tous ces qualitatifs (je ne suis qu'un petit artisan), mais vraiment, merci, ça fait chaud au coeur.

Je n'aime pas trop me voir en photos, mais puisque Jacques Revon m'a envoyé des tonnes d'images faites pendant la soirée (merci encore), je vous en mets une.

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Prochaine conférence : lors du congrès national de l'APBG (association des professeurs de biologie-géologie), je fais une pige le 16 juillet.

29 avr. 2017

Mini packshot

Parfois, les chinois d'ebay vous évitent des bricolages foireux.

Pour les besoins du livre sur la macro, il a fallu que je fasse des photos de matériel et à chaque fois, ça a été un peu hasardeux entre le fond plus ou moins blanc/brillant et le ou les sources d'éclairage avec des balances de blanc aléatoires.
Avec un peu de retard à l'allumage, je me suis donc mis en quête d'un genre de tente à lumière ou quelque chose pouvant y ressembler.
Un coût le plus bas possible, une mise en place simplifiée (et standardisée) et un encombrement minimal.
Ebay regorge de tentes à lumière, avec une base en toile blanche et des arceaux métalliques... de toutes les tailles et avec un déploiement aisé, mais il faut placer des lumières ce qui n'est pas toujours évident.
Finalement, j'ai jeté mon dévolu sur un machin en plastique (ce qu'il y avait de moins cher en plus).

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Comme d'habitude, il a fallu attendre quelques jours et enfin, j'ai fini par recevoir une grande enveloppe à bulle contenant le kit dans une pochette tissu.
J'ai un peu ramé pour savoir comment déplier le truc sans risquer de tout déchirer.

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Ensuite, les différents éléments tiennent par des aimants... l'ensemble fait quand même très cheap.
Les dimensions du cube sont d'environ 25 cm.

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Sur la casquette frontale, une rampe de LED (dont je ne connais pas le CRI... patience, j'ai prévu de tester un jour toutes mes sources de lumière au spectromètre) qui est alimentée par un port USB

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L'intensité lumineuse est correcte. Les images qui vont suivre ont été prises au 60 macro sur D7100, à f/9 et 400 isos. On a alors de vitesses entre 1/20 et 1/250... c'est tout à fait gérable.
La balance de blanc (mode auto sur le boîtier - éventuelles retouches avec Toshop) n'est pas un problème. On est plutôt dans un rendu neutre.
Pour les brillances, je vous laisse juger à partir des photos suivantes, vite faites et quasi brutes de jpeg.

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(power bank USB... pour alimenter la rampe de LED)

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(selon le positionnement de l'objet, presque trop grand pour ce cube - images brutes)

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image brute et après quelques retouches
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Les petites LED créent bien des brillances, mais je trouve ça supportable (et vous ?)
Les ombres peuvent être marquées (et sont multiples, voir sous la statuette), mais là encore, une retouche avec toshop règle assez facilement le problème.
La lumière venant du dessus, de toutes façons, il y aura une ombre au sol... reste à voir si ça gène pour un éventuel détourage.
Le fond noir est texturé (un genre de mousse) et ça se voit. Enfin, pour le prix, je pense que ce petit cube est une bonne affaire.

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